رهبر معظم انقلاب اسلامی مرحوم حاج آقا مصطفی را از ابعاد مختلف دارای شخصیتی برجسته دانستند و گفتند: ایشان از لحاظ استعداد و جرأت علمی، تهذیب نفس، شجاعت و منش مبارزاتی، انسانی ممتاز بود.
به گزارش خبرگزاری صداوسیما به نقل از پایگاه اطلاع‌رسانی دفتر مقام معظم رهبری، حضرت آیت الله خامنه‌ای، صبح امروز (یكشنبه) در دیدار دست‌اندركاران همایش بزرگداشت مرحوم آیت الله حاج سیدمصطفی خمینی در آستانه چهلمین سالگرد رحلت ایشان، به جایگاه تأثیرگذار مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی در حادثه مهم دستگیری امام(ره) در سال 42 اشاره كردند و افزودند: آن مرحوم در آن زمان با حضور در صحن حرم حضرت معصومه سلام الله علیها و گرد آمدن مبارزین در كنار ایشان، كار بزرگ و شجاعانه‌ای انجام داد و توانست حركت مردم را هدایت كند.
ایشان ضمن قدردانی از برگزاری چنین كنگره‌ای خاطر نشان كردند: معرفی جایگاه علمی و افكار ایشان به جامعه و نسل امروز، كار بسیار خوب و لازمی است.
رهبر انقلاب اسلامی، درگذشت مرموز و بهت آور مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی در اول آبان سال 1356 را نیز، زمینه ساز ایجاد موج مردمی بیان كردند و گفتند: نحوه مواجهه امام(ره) با این فقدان سنگین كه آن را از الطاف خفیه الهی دانستند، بخشی از شخصیت عظیم امام بزرگوار را در تحمل این مصیبت، و صبر بر آن نشان داد.
حضرت آیت الله خامنه‌ای با اشاره به تهذیب نفس و گرایش سلوكی مرحوم حاج سید مصطفی خمینی و ساده زیستی و زهد ایشان، خاطرنشان كردند: آن مرحوم با اینكه فرزندِ شخصیت و مرجع بزرگی همچون امام خمینی(ره) بود اما ذره‌ای از نشانه‌های آقازادگی در وی نبود.
ایشان افزودند: مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی به‌شدت علاقمند و عاشق امام بود و كوچكترین تعرض به شخصیت امام را بر نمی تابید.
پیش از سخنان رهبر انقلاب اسلامی، حجت الاسلام و المسلمین رشاد رئیس شورای سیاستگذاری همایش بزرگداشت مرحوم آیت الله حاج سیدمصطفی خمینی و آقای محمدعلی انصاری دبیر همایش، گزارشی از برنامه‌های كنگره بزرگداشت مرحوم آیت الله حاج سیدمصطفی خمینی و اقدامات انجام‌شده بیان كردند.
